3MXフォーマットは、2種類のファイルから構成されます。JSONフォーマットのマスターファイルと、バイナリフォーマットのサブフォルダおよびサブファイルのツリーです。マスターファイルはシーンのメタデータを含み、拡張子3MXによって識別されます。バイナリファイルは幾何形状を含み、タイプは3MXB（3MXバイナリ）です。3MXBファイルは、一般的に、1つの固有の3Dテクスチャ付き角錐メッシュを記述します。

図3に、3MXシーンのフォルダ構成の例を示します。シーンファイルはルートフォルダにあります。メッシュの説明は複数のファイルに分かれ、ツリー構造で構成されています。サブフォルダは、前のセクションで説明したLOD構造内の中間ノードのサブツリーを表します。